El 15 de junio de 1999, un sismo de 6.7 grados en la escala de Richter sacudió durante 41 segundos gran parte del territorio poblano. La mayor intensidad se sintió en la ciudad de Puebla y ocasionó severos daños en el patrimonio edificado de la BUAP: un total de 138 inmuebles resultaron afectados, de los cuales dos requirieron atención inmediata: un edificio de la Facultad de Medicina -que fue demolido- y El Carolino.
Con la intervención de académicos de la Maestría en Conservación del Patrimonio Edificado, de la Facultad de Arquitectura, así como de otros especialistas, el Carolino fue sometido a diversos estudios, entre estos de Mecánica de Suelos y Geofísicos, para dar paso a los trabajos intensivos de consolidación y reestructuración en enero del año 2000, pues el edificio sufrió severos daños en su estructura, especialmente en la zona del tercer patio.
Gracias a la colaboración de un amplio grupo de especialistas en varias disciplinas, y el apoyo de los gobiernos federal y estatal, así como de la comunidad universitaria, fue posible solucionar los problemas arquitectónicos y estructurales del histórico inmueble del siglo XVI, antigua sede del Colegio del Espíritu Santo, hoy en pie a 20 años del citado sismo, orgullo del patrimonio edificado universitario.
